Formé à l'Olympique de Marseille, Alain Boghossian n'y a pas joué très longtemps, les difficultés du club après l'affaire OM/VA l'ayant contraint à vendre sa pépite au Napoli une saison seulement après son éclosion en professionnels.
Depuis, le champion du monde 98 a souvent flirté avec les Phocéens sans jamais y revenir. Dans le “France Football” de ce jour, Alain Boghossian révèle ainsi qu'il a failli succéder à Jean Fernandez sur le banc marseillais à l'été 2006 : “En 2006, Pape Diouf souhaitait que je vienne. Mais sans adjoint. 'Tu seras numéro 1', m'affirme-t-il. Je lui ai répondu : “Je ne viens pas seul, je ne suis pas suicidaire”. J'avais un projet et mon staff en tête. Avoir un adjoint qu'on ne choisit pas est ambigu. Une semaine plus tard, José Anigo me rappelle et insiste. J'ai refusé." C'est finalement Albert Emon qui fut choisi et qui mena l'équipe à une belle 2e place en championnat, une victoire en Coupe Intertoto ainsi qu'à la finale de la Coupe de France, qu'il perdit face au PSG (1-2).
Actuellement dans l'attente d'un poste, Alain Boghossian a révélé qu'il aurait pu devenir entraîneur de l'OM en 2006.
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